Hero of the Kingdom II vertelt het verhaal van een jong broer en zus die door een uitgestrekt koninkrijk reizen op zoek naar een nieuw thuis. Na dramatische gebeurtenissen die hen dwingen hun geboortestreek te verlaten, vinden ze onderdak in een klein vissersdorpje. Ze sluiten snel vriendschap met de dorpelingen, leren nieuwe vaardigheden en helpen bij de dagelijkse werkzaamheden.
Hun rustige leven duurt echter niet lang. Al snel wordt het koninkrijk bedreigd door piratenaanvallen. De hoofdpersonen zijn getuige van een brute aanval die hun nieuwe thuis vernietigt en de dorpelingen verspreidt. Vastbesloten om zijn zus te vinden en het dorp te helpen, begint de jonge held aan een gevaarlijke reis door onbekend gebied.
Onderweg verkent de speler diverse omgevingen – dichte bossen, uitgestrekte velden, verraderlijke moerassen en gevaarlijke kusten die worden beheerst door piraten. De held ontmoet talloze personages die hulp aanbieden of vragen. Door zijn vaardigheden te verbeteren, voorwerpen te verzamelen en puzzels op te lossen, wordt hij steeds sterker en ervarener.
Het verhaal van het spel draait om moed, loyaliteit en zelfopoffering. Uiteindelijk moet de held de leider van de piraten confronteren om zijn zus en het dorp te redden van vernietiging. Dankzij doorzettingsvermogen en de steun van nieuwe vrienden weet hij de vrede aan de kust te herstellen en zijn plek in de wereld te vinden.
