Hero of the Kingdom II розповідає історію молодого брата і сестри, які подорожують широким королівством у пошуках нового дому. Після драматичних подій, які змусили їх покинути рідні краї, вони знаходять притулок у невеликому рибальському селі. Вони швидко заводять дружбу з місцевими мешканцями, вчаться новим навичкам і допомагають у повсякденних справах.
Спокійне життя не триває довго — скоро королівство загрожують напади піратів. Герої стають свідками жорстокого нападу, який знищує їхній новий дім і розганяє мешканців села. Визначившись знайти свою сестру і допомогти людям, молодий герой вирушає у небезпечну подорож невідомими землями.
Під час пригоди гравець досліджує різноманітні місця — від густих лісів і широких полів до підступних боліт і небезпечних узбереж, контрольованих піратами. На шляху герой зустрічає багатьох персонажів, кожен зі своєю історією і проханнями про допомогу. Розвиваючи свої навички, збираючи предмети та розв’язуючи головоломки, герой стає все сильнішим і досвідченішим.
Історія гри зосереджена на темах мужності, вірності та самопожертви. Наприкінці герой має протистояти ватажку піратів, щоб врятувати свою сестру і село від загибелі. Завдяки наполегливості та підтримці нових друзів він відновлює мир на узбережжі і знаходить своє місце у світі.
