Hero of the Kingdom II, geniş bir krallıkta yeni bir yuva arayan genç bir kardeşin ve kız kardeşin hikayesini anlatıyor. Dramatic olaylar sonucu memleketlerini terk etmek zorunda kalan ikili, küçük bir balıkçı köyünde sığınak bulur. Hızla köy halkıyla dostluk kurar, yeni beceriler öğrenir ve günlük işlerde yardım ederler.
Ancak huzurlu yaşam uzun sürmez; kısa süre içinde korsan saldırıları tüm krallığı tehdit eder. Kahramanlar, yeni evlerinin yok edildiği ve köylülerin dağıldığı acımasız bir saldırıya tanık olur. Kız kardeşini bulmak ve köylülere yardım etmek için genç kahraman tehlikeli ve bilinmeyen topraklarda bir yolculuğa çıkar.
Macera boyunca oyuncu, sık ormanlar, geniş tarlalar, tehlikeli bataklıklar ve korsanların kontrolündeki tehlikeli kıyılar gibi çeşitli bölgeleri keşfeder. Yolda birçok karakterle karşılaşır; bazıları yardım ister, bazıları ise yardım sunar. Kahraman, yeteneklerini geliştirir, yeni eşyalar toplar ve bulmacalar çözer; böylece giderek daha güçlü ve deneyimli hale gelir.
Oyunun hikayesi cesaret, sadakat ve fedakarlık temaları etrafında şekillenir. Sonunda kahraman, korsanların lideriyle yüzleşmeli ve kız kardeşi ile köyü yok olmaktan kurtarmalıdır. Azmi ve yeni dostlarının desteğiyle sahilde barışı yeniden sağlar ve dünyada kendi yerini bulur.
