Hero of the Kingdom II berättar historien om ett ungt syskonpar som reser genom ett stort rike på jakt efter ett nytt hem. Efter dramatiska händelser som tvingar dem att lämna sitt hemland, finner de skydd i en liten fiskeby. De blir snabbt vän med byborna, lär sig nya färdigheter och hjälper till med vardagssysslorna.
Det lugna livet varar dock inte länge – snart hotas hela riket av piratattacker. Hjältarna bevittnar en brutal attack som förstör deras nya hem och sprider byborna. Fast beslutna att hitta sin syster och hjälpa samhället, ger sig den unga hjälten ut på en farlig resa genom okända områden.
Under äventyret utforskar spelaren olika miljöer – från täta skogar och vidsträckta fält till förrädiska träsk och farliga kuster som kontrolleras av pirater. Längs vägen möter hjälten många karaktärer som antingen erbjuder hjälp eller ber om det. Genom att utveckla sina färdigheter, samla föremål och lösa pussel blir hjälten starkare och mer erfaren.
Spelets berättelse kretsar kring teman som mod, lojalitet och uppoffring. Till slut måste hjälten konfrontera piratledaren för att rädda sin syster och byn från förintelse. Tack vare uthållighet och stöd från nya vänner lyckas han återställa freden vid kusten och hitta sin plats i världen.
