Hero of the Kingdom II conta a história de um jovem irmão e irmã que viajam por um vasto reino à procura de um novo lar. Após acontecimentos dramáticos que os obrigam a deixar a sua terra natal, encontram refúgio numa pequena vila piscatória. Rapidamente, fazem amizade com os habitantes locais, aprendem novas competências e ajudam nas tarefas do dia a dia.
No entanto, a vida pacífica não dura muito — rapidamente, ataques de piratas ameaçam todo o reino. Os protagonistas assistem a um ataque brutal que destrói o seu novo lar e dispersa os habitantes da vila. Determinado a encontrar a sua irmã e a ajudar a comunidade, o jovem herói embarca numa perigosa viagem por terras desconhecidas.
Ao longo da aventura, o jogador explora diversos ambientes — desde florestas densas e campos vastos até pântanos traiçoeiros e costas perigosas dominadas por piratas. Pelo caminho, o herói encontra muitas personagens, cada uma com a sua própria história e pedidos de ajuda. Ao desenvolver as suas competências, recolher objetos e resolver enigmas, o herói torna-se cada vez mais forte e experiente.
A narrativa do jogo centra-se nos temas da coragem, lealdade e sacrifício. No final, o herói terá de enfrentar o líder dos piratas para salvar a sua irmã e a vila da destruição. Graças à perseverança e ao apoio de novos amigos, consegue restaurar a paz na costa e encontrar o seu lugar no mundo.
