Hero of the Kingdom II menceritakan kisah sepasang saudara muda yang melakukan perjalanan melintasi sebuah kerajaan luas untuk mencari rumah baru. Setelah mengalami peristiwa dramatis yang memaksa mereka meninggalkan kampung halaman, mereka menemukan perlindungan di sebuah desa nelayan kecil. Mereka segera menjalin hubungan dengan penduduk lokal, mempelajari keterampilan baru, dan membantu pekerjaan sehari-hari.
Namun, kehidupan damai mereka tidak bertahan lama—serangan bajak laut segera mengancam seluruh kerajaan. Para tokoh utama menyaksikan serangan brutal yang menghancurkan rumah baru mereka dan mengusir penduduk desa. Bertekad untuk menemukan saudara perempuannya dan membantu penduduk desa, pahlawan muda memulai perjalanan berbahaya melewati wilayah yang belum dikenal.
Sepanjang petualangan, pemain menjelajahi berbagai lokasi—mulai dari hutan lebat dan ladang luas hingga rawa berbahaya dan pantai yang dikuasai oleh bajak laut. Dalam perjalanannya, sang pahlawan bertemu banyak karakter dengan cerita dan permintaan bantuan masing-masing. Dengan mengembangkan keterampilannya, mengumpulkan barang-barang, dan memecahkan berbagai teka-teki, sang pahlawan menjadi semakin kuat dan berpengalaman.
Cerita permainan ini berfokus pada tema keberanian, kesetiaan, dan pengorbanan. Pada akhirnya, sang pahlawan harus menghadapi pemimpin bajak laut untuk menyelamatkan saudara perempuannya dan desa dari kehancuran. Berkat ketekunan dan bantuan teman baru, dia berhasil mengembalikan kedamaian di sepanjang pantai dan menemukan tempatnya di dunia.
