A Kokodi világában minden felnőtt rejtélyes módon eltűnt. Csak a gyerekek maradtak, akiknek egyik napról a másikra kell alkalmazkodniuk az új, veszélyes valósághoz. A földet baljós lények járják, akik könyörtelenül vadásznak. Egyetlen védelem a varázsmaszkok – ősi ereklyék, amelyek természetfeletti erőt adnak viselőiknek. Segítségükkel a gyerekek túlélhetnek, és harcolhatnak a világ jövőjéért.
A gyerekek gyorsan két ellenséges klánra szakadtak: KOKO és DI. Mindkettő saját szabályokat követ, és másképp képzeli el a felnőttek nélküli világot. A KOKO az egységet és a szolidaritást hirdetik, míg a DI az erőt, a ravaszságot és az individualizmust helyezik előtérbe, gyakran sötétebb hatalmakat használva. A konfliktus elkerülhetetlen.
A játékmenet dinamikus csatákra épül, ahol a játékos a választott klán tagjaként küzd. A maszkok különféle képességeket adnak – az elemek irányításától a természetfeletti gyorsaságig, sőt az árnyékok és az idő manipulálásáig. A sikerhez azonban elengedhetetlen az együttműködés és a stratégia, mert az ellenséges lények sosem állnak meg, és a KOKO és a DI közötti viszály folyamatosan nyílt háborúval fenyeget.
A játék hangulata sötét, mégis tele van gyermeki fantáziával. Ez a világ az ártatlanság és a kegyetlen túlélési harc közötti ellentétet mutatja be. A felnőttek eltűnése rejtély marad – vajon a gyerekek vissza tudják állítani a régi rendet, vagy örökre a káoszba és a konfliktusba süllyednek? A Kokodi sorsa a játékos kezében van.