A Hero of the Kingdom II egy fiatal testvérpár történetét meséli el, akik egy hatalmas királyságon keresztül utaznak, hogy új otthont találjanak. Drámai események miatt el kell hagyniuk szülőföldjüket, és menedéket találnak egy kis halászfaluban. Gyorsan kapcsolatot építenek a helyiekkel, új készségeket tanulnak, és segítenek a mindennapi feladatokban.
A békés élet azonban nem tart sokáig – hamarosan kalóztámadások fenyegetik az egész királyságot. A főszereplők tanúi lesznek egy brutális támadásnak, amely elpusztítja új otthonukat és szétszórja a falusiakat. Elhatározva, hogy megtalálja a testvérét és segít a falunak, a fiatal hős veszélyes útra indul ismeretlen területeken át.
Útja során a játékos változatos helyszíneket fedez fel – sűrű erdőket, tágas mezőket, alattomos mocsarakat és veszélyes partokat, amelyeket kalózok uralnak. Útközben számos karakterrel találkozik, akik segítséget kérnek vagy ajánlanak. A hős fejleszti képességeit, új tárgyakat gyűjt és különféle rejtvényeket old meg, ezáltal egyre erősebbé és tapasztaltabbá válik.
A játék története a bátorság, hűség és önfeláldozás témáira épül. Végül a hősnek szembe kell néznie a kalózok vezetőjével, hogy megmentse testvérét és a falut a pusztulástól. Kitartásával és új barátai segítségével sikerül visszaállítania a békét a partvidéken, és megtalálnia helyét a világban.
