Hero of the Kingdom II एक युवा भाई-बहन की कहानी बताती है जो एक विशाल साम्राज्य में एक नया घर खोजने के लिए यात्रा करते हैं। नाटकीय घटनाओं के कारण उन्हें अपने घर को छोड़ना पड़ता है और वे एक छोटे से मछुआरे गाँव में आश्रय लेते हैं। वे जल्दी ही गाँव के लोगों से दोस्ती कर लेते हैं, नई कौशल सीखते हैं और रोज़मर्रा के कामों में मदद करते हैं।
लेकिन उनकी शांतिपूर्ण जिंदगी ज्यादा देर तक नहीं टिकती — जल्द ही समुद्री डाकुओं के हमले पूरे साम्राज्य को खतरे में डाल देते हैं। नायक और नायिका एक क्रूर हमले के गवाह बनते हैं जो उनके नए घर को तबाह कर देता है और गाँव के लोगों को बिखेर देता है। बहन को खोजने और गाँव की मदद करने के लिए युवा नायक एक खतरनाक यात्रा पर निकलता है।
इस यात्रा के दौरान खिलाड़ी विभिन्न स्थानों जैसे घने जंगल, विस्तृत खेत, धोखेबाज़ दलदली जमीन और समुद्री डाकुओं से भरे खतरनाक तटों को पार करता है। रास्ते में वह कई पात्रों से मिलता है जो मदद मांगते हैं या सहायता प्रदान करते हैं। नायक अपनी कौशलों को विकसित करता है, नए सामान इकट्ठा करता है और कई पहेलियाँ हल करता है, जिससे वह मजबूत और अनुभवी बनता जाता है।
खेल की कहानी साहस, वफादारी और त्याग के विषयों पर केंद्रित है। अंत में, नायक समुद्री डाकुओं के नेता का सामना करता है और अपनी बहन और गाँव को विनाश से बचाता है। धैर्य और नए दोस्तों की मदद से वह तट पर शांति बहाल करता है और अपनी जगह दुनिया में पाता है।