Hero of the Kingdom II raconte l’histoire d’un jeune frère et d’une jeune sœur qui voyagent à travers un vaste royaume à la recherche d’un nouveau foyer. Après des événements dramatiques qui les forcent à quitter leur terre natale, ils trouvent refuge dans un petit village de pêcheurs. Rapidement, ils se lient d’amitié avec les habitants, apprennent de nouvelles compétences et aident aux tâches quotidiennes.
Cependant, leur vie paisible est bientôt perturbée par des raids de pirates qui menacent tout le royaume. Les protagonistes assistent à une attaque brutale qui détruit leur nouveau domicile et disperse les villageois. Déterminé à retrouver sa sœur et à aider la communauté, le jeune héros se lance dans un voyage périlleux à travers des terres inconnues.
Au cours de son aventure, le joueur explore divers environnements — des forêts denses, des champs vastes, des marais traîtres et des côtes dangereuses infestées de pirates. En chemin, le héros rencontre de nombreux personnages, chacun avec sa propre histoire et ses demandes d’aide. En développant ses compétences, en collectant des objets et en résolvant plusieurs énigmes, le héros devient de plus en plus fort et expérimenté.
L’histoire du jeu aborde des thèmes de courage, de loyauté et de sacrifice. Finalement, le héros doit affronter le chef des pirates pour sauver sa sœur et le village de la destruction. Grâce à sa persévérance et au soutien de nouveaux amis, il parvient à restaurer la paix sur la côte et à trouver sa place dans le monde.