Hero of the Kingdom II cuenta la historia de dos hermanos jóvenes que viajan por un extenso reino en busca de un nuevo hogar. Tras verse obligados a abandonar su tierra natal debido a dramáticos acontecimientos, encuentran refugio en un pequeño pueblo pesquero. Pronto se integran con los habitantes del lugar, aprenden nuevas habilidades y colaboran en las tareas diarias.
Sin embargo, la tranquilidad dura poco, ya que pronto el reino se ve amenazado por ataques de piratas. Los protagonistas presencian un brutal asalto que destruye su nuevo hogar y dispersa a los aldeanos. Decidido a encontrar a su hermana y ayudar a la comunidad, el joven héroe emprende un peligroso viaje a través de territorios desconocidos.
Durante la aventura, el jugador explora distintos escenarios: densos bosques, vastos campos, traicioneros pantanos y peligrosas costas plagadas de piratas. A lo largo del camino, el héroe conoce a muchos personajes, cada uno con sus propias historias y necesidades de ayuda. Mejorando sus habilidades, obteniendo objetos y resolviendo acertijos, el héroe se vuelve más fuerte y experimentado.
La trama del juego gira en torno a temas de valentía, lealtad y sacrificio. Al final, el héroe debe enfrentarse al líder de los piratas para salvar a su hermana y a la aldea de la destrucción. Gracias a la perseverancia y la ayuda de nuevos amigos, logra restaurar la paz en la costa y encontrar su lugar en el mundo.
