Hero of the Kingdom II erzählt die Geschichte eines jungen Geschwisterpaares, das durch das weite Königreich reist, um ein neues Zuhause zu finden. Nach dramatischen Ereignissen, die sie zur Flucht aus ihrer Heimat zwingen, finden sie Unterschlupf in einem kleinen Fischerdorf. Dort knüpfen sie schnell Kontakte zu den Dorfbewohnern, erlernen neue Fähigkeiten und helfen bei den täglichen Aufgaben.
Doch das friedliche Leben hält nicht lange an – schon bald bedrohen Piraten das gesamte Königreich. Die Hauptfiguren werden Zeugen eines brutalen Angriffs, der ihr neues Zuhause zerstört und die Bewohner des Dorfes auseinander treibt. Entschlossen, seine Schwester zu finden und den Dorfbewohnern zu helfen, begibt sich der junge Held auf eine gefährliche Reise durch unbekannte Gebiete.
Auf seinem Abenteuer durchquert der Spieler vielfältige Landschaften – dichte Wälder, weite Felder, tückische Sümpfe und gefährliche Küsten, die von Piraten beherrscht werden. Unterwegs begegnet er zahlreichen Charakteren, die entweder um Hilfe bitten oder selbst Unterstützung bieten. Der Held verbessert seine Fähigkeiten, sammelt neue Gegenstände und löst zahlreiche Rätsel, wodurch er immer stärker und erfahrener wird.
Die Handlung des Spiels dreht sich um Mut, Loyalität und Selbstlosigkeit. Am Ende muss sich der Held dem Anführer der Piraten stellen, um seine Schwester und das gesamte Dorf vor dem Untergang zu retten. Dank Ausdauer und neugewonnener Freunde gelingt es ihm, den Frieden an der Küste wiederherzustellen und seinen Platz in der Welt zu finden.
