Hra Hero of the Kingdom II vypráví příběh mladého sourozeneckého páru, který putuje rozlehlým královstvím a hledá nový domov. Po dramatických událostech, které je donutily opustit rodné místo, naleznou útočiště v malé rybářské vesnici. Rychle se začlení mezi místní obyvatele, učí se nové dovednosti a pomáhají vesničanům v každodenním životě.
Poklidný život však netrvá dlouho – nad královstvím se začíná stahovat hrozba pirátských nájezdů. Hrdinové se brzy stanou svědky brutálního útoku, který zničí jejich nový domov a rozpráší vesničany. Odvážný mladík se rozhodne najít svou sestru a pomoci lidem z vesnice, a tak vyráží na nebezpečnou cestu neznámými kraji.
Během dobrodružství hráč putuje různorodými krajinami – hustými lesy, širokými poli, zrádnými bažinami i nebezpečným pobřežím ovládaným piráty. Na cestě potkává desítky postav, které mohou nabídnout pomoc nebo požádat o službu. Hrdina si zlepšuje své schopnosti, získává nové předměty a řeší různé hádanky, čímž sílí a získává zkušenosti.
Příběh hry se zaměřuje na témata odvahy, věrnosti a obětavosti. Nakonec se hrdina musí postavit vůdci pirátů, zachránit svou sestru i celou vesnici před zkázou. Díky vytrvalosti a nově získaným přátelům dokáže obnovit mír na pobřeží a najít své místo ve světě.
